ご協力いただいたみなさんへ

公的データベースでのゲノムデータの公開について

バイオバンク・ジャパンでは、研究参加者のみなさまからご提供いただいた試料・情報の利活用を促進するために、試料を解析して得られたデータの公的データベースでの公開を推進しています。データを公開することにより、新たに試料を解析する費用や時間が削減可能となり、さらに多くの研究者によって研究が進められ、新たな成果の創出につながることが期待されています。
ゲノムデータは、匿名化が行われた上で公的データベースを運営する機関に送られ、公開されています。
現在公開されているデータは、下記の表に示すとおりです。

1.NBDC制限公開データ

NBDC制限公開データとは、データを利用する研究者、利用目的などを明らかにした上で、関連研究に従事したことがある研究者が研究のために利用できる公開データです。利用にあたっては、NBDCヒトデータ審査委員会による審査において承認される必要があります。また、利用にあたっては、セキュリティガイドラインの遵守が求められています。

NBDC Research ID: hum0014

データID内容人数公開日
JGAS000101心房細動患者8,180症例のPhenotypeデータ、Genotypeデータ8,1802017/5/18
JGAS000114BBJ第一コホートBMIデータ、90万SNP Genotypeデータ158,284(BMI)
182,505(SNP)
2017/9/8
JGAS00011458臨床検査値のPhenotypeデータ162,2552018/5/1
JGAS000114BBJ第一コホートWGSデータ1,0262018/8/13
JGAS000140遺伝性乳がん原因11遺伝子翻訳領域の
Target CaptureSequencingデータ
30,8252018/10/16
JGAS000114genotype imputation用のreference panel3,5412019/9/27
JGAS000203遺伝性前立腺がん原因8遺伝子翻訳領域の
TargetCapture Sequencingデータ
20,0022019/10/7
JGAS0002932003年から2007年度にバイオバンク・ジャパンに登録されたサンプル
(約20万例)から抽出された11,234名の23遺伝子における
全てのエクソン領域のTarget Capture Sequencingn解析より得られた
体細胞変異データ
およびSNPアレイにより得られた染色体変異データ
11,2342021/5/21
JGAS000114
にデータ追加
JGAD000220のWGSデータのbam/gvcfデータ1,0262021/07/13
JGAS000327膵がん1,005症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
1,0052021/11/26
JGAS000346大腸がん12,503症例および対照者23,705名の
遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ
36,2082021/11/26
JGAS000381心筋梗塞1,765症例、認知症199症例のWGSデータ1,9642022/1/25
JGAS000414腎がん740症例および対照者5,996名の遺伝性腫瘍関連27遺伝子
および腎がん関連13遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencing
データ
6,7362022/4/1
JGAS000347リンパ腫1,982症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
1,9822023/4/20
JGAS000592胃がん10,366症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
10,3662023/4/20
JGAS000592対照者37,592名(BBJの非がん対象者)の遺伝性腫瘍関連27遺伝子
翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ
37,5922023/4/20

NBDC Research ID: hum0028

データID内容人数公開日
JGAS000018HLA領域(7座位)の遺伝子型情報およびHLAアリル情報9082015/6/2
JGAS000018HLA-DQA1領域の遺伝子型情報およびHLA-DQA1
アリル情報の追加
9082018/6/5

NBDC Research ID: hum0238

データID内容人数公開日
JGAS000240NGS(WGS)に内在するHHV-6配列102020/7/28

NBDC Research ID: hum0311.

データID内容人数公開日
JGAS000412BBJ第一コホート11,716名、
BBJ第二コホート42,689名のGenotypeデータ
BBJ第一コホート(47疾患):11,716名
BBJ第二コホート(38疾患):42,689名
2021/11/30
JGAS000541BBJ第一コホート180,882名を男女別に7つのバッチに
分けて実施したImputationデータならびにindexデータ
BBJ第一コホート(47疾患):180,882名 2022/07/28
JGAS000561BBJ第一コホート1,285名の血清サンプルを対象とした
NMRによるメタボロームデータ
BBJ第一コホート(47疾患):1,285名 2022/09/08
JGAS000561
(データ追加)
BBJ第一コホート2,570名の血清サンプルを対象とした
NMRによるメタボロームデータ
BBJ第一コホート(47疾患):
1,285名+2,570名
累計:3,841名
同一人物で複数検体がありますので、
合計と累計が違います
2023/04/24

2.NBDC非制限公開データ

NBDC非制限公開データとは、アクセスに制限を設けることなく、誰でも利用することが可能な公開データです。利用に係る審査は不要ですが、研究利用への限定、個人同定の禁止、最新データの使用を遵守することが求められています。

データID内容公開日
hum0014.v1.freq.v1心筋梗塞1,666症例および対照健常者3,198名のGWAS2014/9/30
hum0014.v2.jsnp.
934ctrl.v1
健常者934名35疾患各約190症例の遺伝子型カウント情報2015/12/28
35疾患35疾患各約190症例における遺伝子型カウント情報(JSNPのデータ)2015/12/28
hum0014.v2.jsnp.
182ec.v1
食道がん182症例の遺伝子型カウント情報(JSNPのデータ)2015/12/28
hum0014.v2.jsnp.
92als.v1
筋萎縮性側索硬化症92症例の遺伝子型カウント情報(JSNPのデータ)2015/12/28
hum0014.v3.
T2DM-1.v1
2型糖尿病9,817症例および対照者6,763名のGWAS2016/1/28
hum0014.v3.
T2DM-2.v1
2型糖尿病5,646症例および対照者19,420名のGWAS2016/1/28
hum0014.v4.AD.v1アトピー性皮膚炎患者1,472症例および対照者7,966名のGWAS2016/2/2
hum0014.v5.AF.v1心房細動患者8,180症例および対照者28,612名のGWAS2017/5/18
hum0014.v6.158k.v1158,284名のBMIのGWAS2017/9/8
hum0014.v7.POAG.v1開放隅角緑内障3,980症例および対照者18,815名のGWAS2018/4/4
hum0014.v8.58qt.v1162,255名の58臨床検査値のGWAS2018/5/1
hum0014.v9.Men.v1
hum0014.v9.MP.v1
初潮年齢データを有する女性67,029名および
閉経年齢データを有する女性43,861名のGWAS
2018/8/7
hum0014.v12.
T2DMwN.v1
2型糖尿病腎症2,809症例および2型糖尿病対照5,592症例のGWASメタ解析2018/12/10
hum0014.v13.
T2DMmeta.v1
2型糖尿病36,614症例および対照者155,150名のGWASメタ解析2019/1/25
hum0014.v14.
smok.v1
日本人集団165,436名における喫煙習慣のGWAS2019/3/26
hum0014.v15.ht.v1159,095名の身長のGWAS2019/9/27
hum0014.v1740疾患のGWAS2019/10/8
hum0014.v18乳がんのGWAS2019/11/26
hum0014.v19日本人集団165,084名における食習慣のGWAS2020/4/20
hum0014.v20.cad.v1冠動脈疾患のGWAS2020/8/17
hum0014.v21虚血性心疾患のGWAS2020/8/25
hum0197.v3.gwas.v1220形質のGWAS(疾患、既往歴、身体計測値、生化学検査値、血球検査値、治療薬)2021/3/22
JGAS0002932003年から2007年度にバイオバンク・ジャパンに登録されたサンプル(約20万例)から
抽出された11,234名の23遺伝子における全てのエクソン領域の
Target Capture Sequencingn解析より得られた体細胞変異データおよび
SNPアレイにより得られた染色体変異データ
2021/5/21
JGAS000114
にデータ追加
JGAD000220のWGSデータのbam/gvcfデータ2021/7/13
JGAS000327膵がん1,005症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
2021/11/26
JGAS000346大腸がん12,503症例および対照者23,705名の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
2021/11/26
hum0197.v5.gwas.v110形質のGWAS(初潮年齢、閉経年齢、アルブミン/グロブリン比、自己免疫疾患、
推算糸球体濾過量、悪性腫瘍、非アルブミン蛋白、リン、喫煙本数、喫煙歴)
2021/12/21
hum0197.v5.finemap.v179形質のGWAS fine-mapping2021/12/21
JGAS000381心筋梗塞1,765症例、認知症199症例のWGSデータ2022/1/25
JGAS000414腎がん740症例および対照者5,996名の遺伝性腫瘍関連27遺伝子および
腎がん関連13遺伝子翻訳領域のTarget Capture Sequencingデータ
2022/4/1
hum0197.v10.gwas.v19形質のGWAS(アレルギー疾患、自己免疫疾患、自己免疫+アレルギー疾患、
関節リウマチ、バセドウ病、1型糖尿病、気管支喘息、アトピー性皮膚炎、花粉症)
2022/6/16
hum0014.v27.surv.v1BBJ第1コホート137,693名の生存に関するGWAS2022/12/31
hum0014.v28.MEs.v1BBJ第1コホート4,880名のmobile element多型頻度情報2023/4/5
hum0014.v29.AF.v1心房細動患者9,826症例および対照者140,446名のGWAS(BBJ)
心房細動患者77,690症例および対照者1,167,040名のGWASメタ解析
(BBJ、欧米人、FinnGen)
2023/4/5
JGAS000347リンパ腫1,982症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
2023/4/20
JGAS000592胃がん10,366症例の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
2023/4/20
JGAS000592対照者37,592名(BBJの非がん対象者)の遺伝性腫瘍関連27遺伝子翻訳領域の
Target Capture Sequencingデータ
2023/4/20
hum0197.v16.gwas.v115形質のGWAS(全癌種のメタ解析、胆嚢・胆管癌、乳癌、子宮頸癌、大腸癌、子宮体癌、食道癌、
胃癌、肝細胞癌、肺癌、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、乳癌+前立腺癌)
2023/6/6

3.AGD制限共有データ

AGD制限共有データは、AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)において、NBDCでの公開に先駆け、より早い段階からの研究プロジェクト内や研究グループ内の学術研究や公衆衛生の向上に資する研究における共有を可能にする枠組みで共有されるデータです。AGD制限共有データを研究代表者として利用申請できるのは、関連研究に従事したことがある研究者で、利用目的は学術研究または講習生成の向上に貢献する研究に限定されています。利用にあたっては、セキュリティガイドラインの遵守が求められています。

データID内容人数公開日
AGDS_00000000005バイオバンク・ジャパン登録患者のWGSデータ
(心筋梗塞、胃がん、認知症)
2,2192019/7/23
AGDS_00000000009バイオバンク・ジャパン登録患者のWGSデータ(47疾患)1,0072021/7/30
AGDS_000005
(データ追加)
WGSデータのbam/gvcfデータ胃がん(ICD10:C16):
255症例
2022/02/01

All rights reserved. Copyright (C) 2019 BioBank Japan