略号はWGS（Whole Genome Sequence）。対象とする生物種や個体のゲノムをすべて解読する手法。20世紀のころは、技術的な困難さや費用面などから、注目する遺伝子だけを解析する研究がおもだったが、近年、技術的な条件が整ってコストも下がり、ゲノム全体を読んで、包括的に研究することが現実的になっている。
WGSは、個々人の遺伝的な特性やバリアントの存在を包括的に理解するのに役立つ。わかることとしては、その人のルーツ、疾患に対する感受性、薬の効きやすさなどが含まれる。WGSは遺伝学的研究、疾患の原因解明などの基礎研究だけでなく、先進的なゲノム医療などの分野でも広く使用されている。