細胞や組織における遺伝子の発現パターンを詳細に調べるための解析手法。遺伝子の発現は、DNAからRNAへの転写（トランスクリプション）を通じて行われる。トランスクリプトーム解析は、このRNAの種類、量を網羅的に調べ、生物の身体のなかで、いつ・どこで・どういった条件下でどの遺伝子をどれだけ発現しているのかを理解するのに役立つ。これにより、疾患のメカニズムの解明や新しい治療法の開発など、様々な研究が進められている。
実際のトランスクリプトーム解析には、次世代シーケンシング技術が使われることが一般的。