バイオバンク・ジャパン（BBJ）の試料・情報を利用した研究の成果論文が国際科学誌 Cell Genomics（オンライン）に掲載されました。

大阪大学の友藤嘉彦招へい教員、岡田　随象　教授（東京大学他）ら研究グループは、遺伝子発現プロファイルの性差、疾患や生命現象における性差の原因と考えられているX染色体不活化[1]からの逃避を量るソフトウェアを開発し、臓器、細胞種単位での影響を調べました。

同研究グループは、一般的な1 細胞RNAシークエンス[2]データを用いて、X染色体不活化からの逃避を量るソフトウェアsingle-cell Level inactivated X chromosome mapping (scLinaX) を開発・実装しました。scLinaX を複数の大規模な1 細胞RNAシークエンス データセットに適用し、X染色体不活化からの逃避がリンパ系の細胞において強いという結果を得ました。またバイオバンク・ジャパン（BBJ）とUKバイオバンクのデータセットを使って血球関連の形質についてゲノムワイド関連解析(GWAS)を実施し、PRKX遺伝子へのeQTL効果を持つ（遺伝子発現量に影響を与える）遺伝子多型がリンパ球数と関連があり、男性よりも女性で効果量が大きいことがわかりました。この結果は、X染色体不活化からの逃避が遺伝子多型とヒト形質との関連の強さに影響している可能性を示しています。

本研究で開発したscLinaXは、遺伝子発現や形質、そして疾患の性差の解明に資する基盤となることが期待されます。

詳しくは、原著論文やプレスリリース記事をお読みください。

原著論文

Quantification of escape from X chromosome inactivation with single-cell omics data reveals heterogeneity across cell types and tissues
DOI: 10.1016/j.xgen.2024.100625

大阪大学からのプレスリリース記事

https://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/research/20240731-0100.htm

用語解説

[1] X染色体不活化
X染色体不活性は、哺乳類メスが持つ2 本のX 染色体のうち、1 本が不活性化され、遺伝子発現がほとんど起きない状態になる現象。“X染色体不活化からの逃避”とは、X 染色体不活化が不完全なことがあり、X 染色体上の遺伝子のうちおよそ12-20%については、不活化しているはずのX 染色体から部分的に遺伝子発現が起きる現象のこと。

[2] 1 細胞RNAシークエンス
個々の細胞から得られたRNA 分子を鋳型として相補的DNA(cDNA)を作成し、その配列をハイスループットシークエンサーで決定する解析手法。個々の細胞ごとに遺伝子発現プロファイルを取得することができる。